直到今天，人們對太平洋中出現的厄爾尼諾現象，仍有許多迷惑不解之處：發牛厄爾尼諾現象時，那巨大的暖水流是從何處來的？它的熱源在哪裡？過去人們提出過種種假說，如：其熱源來自地心，或是因為海底火山爆發等。但是，往往在沒有發生大的火山爆發時，也曾發生過厄爾尼諾現象，因此這種假說不能令人信服：這是其一。　　其三，無論是厄爾尼諾現象，或是反厄爾尼諾現象的發生，都是大洋暖水團大范圍運動的結果。那麼，這種暖流水團運動和北太平洋發生的順時針大洋環流，以及南太平洋中發生的逆時針方向的大洋環流是否有其種關系？特別引起中國海洋氣象專傢關註的是，厄爾尼諾與發生在西太平洋上的黑潮暖流又有什麼關系？因為黑潮對中國、日本等東亞國傢的氣候有較大影響。

　　其四，厄爾尼諾一旦發生，范圍大，時間長，引起的自然災害對人類社會破壞性極大。因此，能否利用海洋中各種要素的變化規律來預報它的發生呢？　　其五，發生在太平洋的南方濤動與厄爾尼諾之間有必然聯系嗎？如果有聯系，其內在的機理又是什麼？等等。